柴油锅炉作为常见的供热设备，虽在部分场景下有一定应用优势，但也存在诸多不容忽视的缺点。
首先是运行成本偏高。柴油价格受国际原油市场波动影响较大，且本身热值利用效率相较于燃气锅炉略低，同等供热负荷下，柴油消耗产生的燃料费用通常比天然气、电力等能源高出不少，长期运行会给用户带来较重的经济负担。
其次是环保性能欠佳。柴油燃烧过程中会产生二氧化硫、氮氧化物以及颗粒物等污染物，若未配备完善的尾气处理设备，直接排放会对空气造成污染，不符合当前日益严格的环保排放标准，在很多环保要求高的城区，柴油锅炉的使用往往受到严格限制。
第三是维护难度较大。柴油的杂质含量相对较高，燃烧后容易在炉膛、烟道以及燃烧器内形成积碳和油垢，需要定期进行清理，否则会影响锅炉的换热效率和运行稳定性，严重时还可能引发堵塞、燃烧不充分等问题，增加了维护的频次和成本。
第四是储存安全风险高。柴油属于易燃易爆危险品，储存时需要专门的储油设备，且要满足防火、防爆、防泄漏等安全规范，若储存不当，极易引发火灾、爆炸等安全事故，对储存场地和管理都有较高的要求。
最后是噪音污染明显。柴油锅炉的燃烧器、油泵等部件运行时会产生较大的噪音，若安装在靠近居民区或对噪音敏感的区域，会对周边环境和人员生活造成干扰，需要额外采取隔音降噪措施。