单位锅炉房在运行中，燃料的选择直接关系到供热成本、环保达标、设备维护及运行安全。目前国内单位锅炉房使用的燃料主要分为三大类：固体燃料、液体燃料和气体燃料，此外还有部分采用电加热或生物质燃料的锅炉形式。不同燃料在热值、排放、储存、价格和适用锅炉类型上存在明显差异，单位需结合自身条件合理确定。
固体燃料以煤为代表，曾是单位锅炉房最普遍的燃料。燃煤锅炉热效率相对稳定，燃料采购成本在传统能源中具有一定优势，尤其适合用热量大、对燃料成本敏感且环保设施完善的单位。但燃煤锅炉的污染物排放较高，需配套除尘、脱硫、脱硝设备，煤场和灰渣场占地较大，日常清灰、除渣劳动强度高。随着环保政策趋严，许多城市建成区已禁止新建燃煤锅炉，现存燃煤锅炉也多要求超低排放改造或逐步淘汰。
液体燃料主要包括柴油、重油和甲醇等。柴油锅炉启动快、自动化程度高、排放相对清洁，但运行成本较高，一般用于应急备用、调峰或对供汽品质要求高的单位。重油热值高，价格低于柴油，但需要加热保温、雾化燃烧，维护要求较高，且硫含量较高时需进行烟气处理。甲醇作为清洁液体燃料，燃烧后污染物少，但热值偏低，单位热值成本不占优势，且储存需符合危化品管理要求。
气体燃料目前是单位锅炉房的主流选择，主要包括天然气、液化石油气和人工煤气。天然气锅炉具有热效率高、启停迅速、自动化运行水平高、几乎无烟尘和二氧化硫排放等优点，特别适合位于城市管网覆盖范围内的单位。天然气锅炉房占地面积小，无需煤场和渣场，日常维护简便，但受气源供应和价格波动影响较大。液化石油气多用于气源不稳定或管网未覆盖地区，需建设储罐，安全间距要求严格。人工煤气因热值低、成分波动大，已较少用于新建锅炉房。
生物质燃料包括木质颗粒、秸秆压块等，属于可再生能源。生物质锅炉在碳排放方面具有优势，燃料价格通常低于天然气，但热值低于煤，且灰分较多，需定期清理受热面积灰。生物质燃料的供应稳定性、含水率和热值波动是运行中需要重点控制的环节。电锅炉使用电能直接加热，无任何燃烧排放，运行安静、控制精准，但运行电费较高，通常用于环保要求极高、有低谷电政策或供热面积较小的单位。
单位在选择锅炉燃料时，应综合评估当地环保政策、燃料供应稳定性、初投资与运行费用、锅炉房场地条件以及运维人员技术水平。城市建成区优先考虑天然气或电锅炉；工业园区有集中供热条件的可采用外购蒸汽；远离管网且环保允许的地区可比较生物质与清洁煤方案。无论选择何种燃料，都应确保锅炉设备与燃料特性匹配，并预留未来燃料变更或环保升级的空间。