地暖电锅炉作为常见的采暖设备，在使用过程中存在不少明显缺点，用户选购前需充分了解。
首先是运行成本较高。地暖电锅炉完全依靠电能转化为热能，采暖季长时间运行时耗电量极大。尤其是大面积住宅或冬季寒冷地区，每月电费支出往往远超燃气锅炉、空气能热泵等其他采暖方式，长期使用会带来较重的经济负担。
其次是对家庭电路要求高。地暖电锅炉功率普遍较大，小功率设备难以满足大面积采暖需求，大功率设备则需要匹配专用的电路线路，部分老旧小区的电路负荷不足，无法直接安装使用，若强行安装可能引发跳闸、线路过热甚至火灾等安全隐患，前期电路改造也会增加额外成本。
再者是加热速度偏慢。地暖电锅炉需要先加热管道内的水，再通过地暖管道辐射散热提升室温，整个升温过程较长，通常需要数小时才能达到设定温度，无法像空调、电暖器那样快速制热，对于需要临时采暖的场景来说适用性较差。
另外存在一定的干耗问题。电锅炉加热地暖水的过程中，水分会缓慢蒸发消耗，需要定期手动补水，若补水不及时，可能导致锅炉干烧，不仅影响设备使用寿命，还可能引发安全问题。同时，长期使用后地暖管道内容易产生水垢，会降低换热效率，进一步增加耗电量，还需要定期清洗维护，增加了使用麻烦。
最后是受电力供应影响大。若遇到电网故障、停电等情况，地暖电锅炉会直接停止运行，冬季采暖中断会严重影响居住舒适度，而部分地区实行的阶梯电价政策，也会进一步推高其运行成本。