低压锅炉在长期运行过程中，受热面及锅筒内部会逐渐积聚水垢、泥渣和锈蚀产物。这些沉积物不仅降低热效率，还可能导致局部过热甚至爆管。定期清洗内部是保证锅炉安全经济运行的关键措施。低压锅炉内部清洗主要分为机械清洗和化学清洗两大类，实际作业中常根据垢层厚度与成分组合使用。
清洗前必须停炉、泄压、冷却至常温，并切断电源、汽源和水源，挂设警示牌。打开人孔、手孔后，先进行通风换气，检测内部氧气含量合格后方可进入。用防爆照明灯检查内部结垢情况，记录垢层厚度、分布及颜色，以便选择清洗方案。
机械清洗适用于垢层较厚或化学清洗难以溶解的硬垢。常用工具有钢丝刷、刮刀、角向磨光机配钢丝轮、高压水枪等。清洗顺序一般由上至下、由锅筒顶部向底部推进。对于管束内部，可使用专用管刷或软轴洗管器逐根清理。高压水清洗时压力宜控制在40至70兆帕，喷嘴与受热面保持适当距离，避免损伤金属基体。机械清洗后应及时用清水冲洗，将松脱的垢渣排出，防止堵塞底部排污管。
化学清洗适用于结构复杂、机械工具难以触及的部位。低压锅炉常用酸洗法，以盐酸或氨基磺酸为主，配合缓蚀剂使用。清洗液浓度一般控制在百分之五至百分之十，温度维持在五十至六十摄氏度。酸洗前应先做垢样试验，确定最佳浓度和时间。清洗过程中需定时检测酸液浓度和铁离子含量，当浓度不再下降时视为反应终点。酸洗结束后立即排尽废液，用清水冲洗两至三遍，再用百分之一左右的氢氧化钠或碳酸钠溶液进行中和钝化，防止金属表面二次生锈。钝化液循环浸泡四至六小时后排放，最后用清水彻底冲洗至出水pH值接近中性。
对于以碳酸盐水垢为主的轻度结垢，也可采用煮炉法。按每吨水加入氢氧化钠和磷酸三钠各三至五公斤，保持锅炉在零点一至零点二兆帕压力下煮炉二十四至四十八小时。煮炉期间每隔三至四小时排污一次，并补充药液。煮炉结束后泄压排水，打开人孔检查效果，必要时辅以人工刷洗。
清洗完成后应进行内部检查，确认无残留垢渣、无工具遗留、金属表面无点蚀或损伤。封闭人孔、手孔前更换密封垫片，均匀紧固螺栓。随后进行水压试验，试验压力为工作压力的一点二五倍，保压二十分钟无渗漏为合格。最后恢复系统连接，排尽内部积水，做好清洗记录，包括清洗方法、用药量、时间及检查结果，作为下次清洗周期调整的依据。低压锅炉一般每半年至一年清洗一次，水质较差地区应适当缩短周期。