电锅炉加热器长期运行过程中，水中的钙镁离子会在加热元件表面逐渐沉积形成硬质水垢，不仅会大幅降低热传导效率，增加设备运行能耗，严重时还会导致加热管局部过热、元件老化加速，甚至引发管路堵塞、加热故障等问题，因此定期科学除垢是保障电锅炉稳定运行的关键环节。
目前常用的除垢方式主要分为物理除垢与化学除垢两类，操作前需先切断设备电源、关闭进出水阀门，待加热器内部水温降至常温后，排空内部存水再开展作业。物理除垢适合结垢程度较轻、水垢附着不牢固的情况，可先打开设备检修口，取出可拆卸的加热组件，用软质铜丝刷、尼龙刷搭配清水反复刷洗加热管表面，对于缝隙处的薄垢，也可采用高压水枪低压冲洗的方式清理，注意避免用尖锐金属器具刮蹭，防止破坏加热管表面的防腐镀层，清理完成后将组件复位、检查密封件完好性即可。
如果水垢质地坚硬、附着牢固，或是管路内部无法直接接触的结垢区域，可采用弱酸化学除垢法，优先选择对金属腐蚀性低的食品级柠檬酸作为除垢剂，按照比例与温水调配成浓度5%-10%的除垢溶液，注入加热器腔体后浸泡2-4小时，期间可开启设备循环泵让溶液在管路内低速流动，加快水垢溶解反应，待观察到溶液中不再有明显气泡析出，说明水垢已基本溶解。除垢完成后要彻底排空残液，再用清水反复冲洗内部腔体3次以上，避免残留酸液对设备造成长期腐蚀，最后可加注少量弱碱性中和溶液循环15分钟，进一步降低腐蚀风险。
日常使用中可通过加装软化水装置、定期排污的方式减少水垢生成，一般根据用水硬度情况，每6-12个月开展一次除垢作业即可，避免结垢过厚影响设备使用寿命。