电锅炉取暖虽然安装方便、使用灵活，但在实际长期运行中，其缺点也较为明显，主要体现在运行成本、电力依赖、升温速度、功率限制以及后期维护等几个方面。
首先，运行成本偏高是电锅炉取暖最突出的缺点。电锅炉直接利用电能转化为热能，热效率虽然可达百分之九十八以上，但电价通常高于燃气、燃煤或集中供暖的单位热价。在同等房屋面积和保温条件下，电锅炉整个采暖季的电费支出往往明显高于燃气壁挂炉或空气源热泵。尤其在没有峰谷电价的地区，全天连续运行会使电费压力进一步加大。
其次，电锅炉对电力供应条件要求较高。家用电锅炉功率一般在几千瓦到几十千瓦之间，启动时电流较大，对入户电表、线径、空气开关都有严格要求。一些老旧小区或农村自建房原有电路容量不足，需要单独增容、更换电缆，否则容易出现跳闸、线路发热甚至安全隐患。三相电与单相电的适配问题也会限制部分大功率机型的安装。
第三，电锅炉升温速度相对较慢，舒适性受系统形式影响明显。如果搭配暖气片，水温需要加热到较高温度才能有效散热，启动初期房间升温不如燃气锅炉直接燃烧来得迅速。如果搭配地暖，虽然水温要求较低，但地暖本身热惰性大，整体升温时间更长，不适合需要快速取暖的间歇性使用场景。
第四，电锅炉受停电影响较大。一旦电网故障或计划停电，电锅炉会立即停止工作，室内温度会逐渐下降。相比之下，燃气锅炉在停气时同样受影响，但部分地区燃气供应稳定性高于电力，且部分用户可配备小型发电机或备用热源。电锅炉用户若没有备用取暖设备，在严寒天气停电会带来较大不便。
第五，长期使用后电锅炉内部加热管、水泵、温控元件可能出现结垢或老化。虽然电锅炉结构比燃气锅炉简单，但水质较硬地区若不安装软水装置，加热管表面容易结垢，导致热效率下降、耗电量增加，严重时还会造成加热管干烧损坏。更换加热管和清洗内胆需要专业人员操作，增加后期维护成本。
此外，电锅炉本身不具备制冷功能，夏季无法像空气源热泵两联供那样兼顾制冷，功能相对单一。对于追求全年综合能效和多功能集成的用户来说，电锅炉的性价比会进一步降低。
综合来看，电锅炉取暖的缺点主要集中在电费成本高、电力配套要求严格、升温速度有限、停电即停暖以及后期维护等方面。它更适合电价较低、采暖面积较小、保温良好且电力容量充足的场所，对于大面积、长时间、高寒地区的采暖需求，需要谨慎评估后再做选择。