电锅炉的运行效率、使用寿命与内部添加的水质密切相关，选对用水既能减少能耗，又能降低设备故障概率。电锅炉里最好使用软化水或纯净水，这两类水是目前行业内公认的最优选择。
软化水是经过软水设备处理，去除了钙、镁离子的水，能从根源上避免电锅炉加热过程中产生水垢。水垢的导热性极差，仅1毫米厚的水垢就会让电锅炉热效率下降10%左右，还会导致加热管局部过热，缩短设备使用寿命，严重时甚至可能引发加热管爆裂。对于家用电锅炉或小型商用电锅炉来说，长期使用软化水，可大幅降低后期除垢维护成本，保障设备稳定运行。
纯净水的纯度更高，几乎不含任何杂质、离子和微生物，不仅不会产生水垢，还能减少对锅炉内部金属部件的腐蚀，适合对水质要求更高的电锅炉场景，比如精密控温的工业电锅炉、带换热盘管的电采暖锅炉等。不过纯净水的获取成本相对较高，用户可根据自身预算和设备需求选择。
需要特别注意的是，绝对不能直接往电锅炉里加自来水、井水等硬水。这类水中含有大量钙镁离子、矿物质和杂质，加热后会快速在加热管、炉胆内壁结垢，还可能因杂质沉积堵塞管路，影响水循环。也不建议添加自制的蒸馏水或未经检测的过滤水，自制水可能仍含有害离子，无法达到锅炉用水标准。
如果暂时没有软化水或纯净水，可短期使用经过煮沸沉淀后的自来水，但要缩短锅炉清洗周期，定期检查内部结垢情况，避免积垢过多影响设备性能。日常使用中，还要定期检测水质，根据使用时长及时补充或更换符合标准的水，维持电锅炉的良好运行状态。