电锅炉长期运行后，加热管及内壁会逐渐沉积水碱（水垢），不仅降低加热效率、增加耗电量，严重时还可能导致加热管干烧损坏，因此定期清理水碱十分必要。清理前需先切断电源、关闭进出水阀门，将锅炉内的存水完全排空，确保操作环境安全。
对于轻度水碱，可采用物理清理法：打开锅炉检修口，用软毛刷、塑料刮板或高压水枪轻轻刷洗内壁及加热管表面的水垢，注意避免使用金属硬物刮擦，防止损坏加热管的防腐涂层和内胆壁。清理后用清水反复冲洗2-3次，直至排出的水清澈无杂质。
若水碱沉积较厚、物理清理难以去除，可使用专业的锅炉除垢剂进行化学清理：选择中性或弱酸性的食品级除垢剂，按照产品说明的比例与清水混合后注入锅炉，静置浸泡4-6小时（若水碱坚硬可适当延长浸泡时间，但不宜超过12小时），让除垢剂充分溶解水垢。浸泡完成后开启排污阀排出废液，再用清水多次冲洗，确保残留的除垢剂完全清理干净，避免后续使用时影响水质。
清理完成后需检查加热管、密封件等部件是否有损坏，确认无误后再封闭检修口、恢复供水供电，进行试运行。日常使用中，可通过安装软水装置降低进水硬度，或每月进行一次简单的排污操作，减少水碱的沉积速度，延长电锅炉的使用寿命。