电站锅炉是电力生产的核心设备之一，其燃料选择直接影响发电效率、运行成本及环保排放，不同类型的电站锅炉适配的燃料存在明显差异，目前主流燃料主要分为化石燃料、生物质燃料及工业废弃物三大类。
煤炭是我国电站锅炉最主要的燃料，其中又以动力煤为主，包括烟煤、无烟煤、褐煤等品类。不同煤种的热值、灰分、硫分含量各不相同，电站锅炉会根据煤种特性设计对应的燃烧系统，比如煤粉炉适配粉状烟煤，循环流化床锅炉则可燃烧低热值的褐煤、煤矸石等劣质煤，大幅提升了煤炭资源的利用率。
部分靠近油气产区或承担调峰任务的电站会采用燃油、燃气作为锅炉燃料。燃油主要包括重油、柴油等，具有燃烧速度快、热值稳定的特点，常用于锅炉启停阶段的助燃，或是小型调峰电站的主燃料；燃气则以天然气为主，燃烧清洁、污染物排放低，是燃气-蒸汽联合循环电站的主要燃料，发电效率远高于常规燃煤电站。
随着环保要求提升，生物质燃料在电站锅炉中的应用逐渐增多，主要包括秸秆、木屑、稻壳等农林废弃物。这类燃料属于可再生能源，燃烧过程中二氧化碳净排放量低，通常会与煤炭掺烧使用，既降低了化石能源消耗，也能实现农林废弃物的资源化利用，多用于中小型生物质电站或燃煤电站的耦合发电改造。
除此之外，部分工业配套电站锅炉会使用工业废渣、垃圾衍生燃料等废弃物作为燃料，在处理废弃物的同时实现能源回收，兼具环保与经济效益。