很多人对锅炉房的认知还停留在“烧煤冒烟”的传统印象里，实际上不同应用场景、不同建设时期的锅炉房，所使用的燃料存在不小的差异，燃料类型也直接决定了锅炉房的运行成本、环保属性与供热效率。
首先是应用历史最久的固体燃料，除了大家熟知的煤炭，还包含生物质成型燃料两类。传统燃煤锅炉房多使用烟煤、无烟煤等煤炭品类，通过层燃、悬浮燃烧等方式释放热量，这类燃料成本较低、储运方便，但燃烧过程中易产生粉尘、硫化物等污染物，目前在城镇民用供热场景中已逐步被清洁能源替代，仅在部分合规的工业生产场景保留使用。生物质燃料则是近年推广的清洁固体燃料，以农林废弃物加工成的成型颗粒、压块为主，燃烧碳排放强度低，属于可再生能源范畴，多用于配套了环保处理装置的中小型区域供热、供蒸汽锅炉房。
其次是当前城镇集中供热、工业供汽场景应用占比较高的气体燃料，最常见的是天然气，还有部分区域适配管道燃气供应条件使用沼气、煤层气等。燃气锅炉房的燃料通过管道输送，无需预留大面积燃料存储场地，燃烧充分、污染物排放浓度低，配套的自动化控制系统可根据热需求实时调节燃料供给量，运行效率高、运维难度低，是目前国内城镇清洁供热的主流燃料选择。
第三类是液体燃料，常见的有柴油、燃料油，部分经过合规处理的餐厨废弃油脂加工而成的生物柴油也有应用。这类燃料不需要依赖燃气管网布局，储运灵活，多作为备用燃料用于应急保障场景，或是在不具备燃气接入条件的偏远区域小型锅炉房使用，整体燃料成本高于燃气和煤炭，因此很少作为主燃料长期大规模使用。
除此之外，随着清洁能源技术的推广，现在还有不少锅炉房不再燃烧传统化石或生物质燃料，转而使用电加热技术，通过电阻、电磁感应等方式将电能转化为热能，这类锅炉房没有燃烧过程，不存在污染物排放问题，不过运行成本受电价影响较大，多应用于环保要求极高、热负荷规模较小的场景。