锅炉供热水的燃料选择直接影响供热效率、运行成本与环保效益，目前市场上常见的燃料类型主要分为化石燃料、生物质燃料、电力及新能源几大类。
化石燃料是传统供热锅炉的主流选择，其中煤炭因热值高、采购成本低，曾在工业及集中供热领域广泛应用，但燃烧过程中会产生二氧化硫、氮氧化物及粉尘等污染物，随着环保要求提升，目前仅在配备完善脱硫脱硝除尘设备的大型集中供热锅炉中使用。天然气属于清洁化石燃料，燃烧充分、污染物排放少，且操作便捷、无需大量燃料存储空间，是当前城市商用及民用供热锅炉的首选，不过其运行成本受气源价格波动影响较大。柴油、重油等液体化石燃料多用于无天然气接入的临时供热场景，储存运输需注意防火防爆。
生物质燃料属于可再生能源，常见的有生物质颗粒、秸秆、木屑等，通过农林废弃物加工而成，燃烧后碳排放远低于化石燃料，且灰渣可作为肥料回收利用，适合县域、乡镇等生物质资源丰富的地区供热使用，不过燃料体积较大，需要专门的储存空间，且燃烧效率受燃料含水率影响明显。
电力驱动的供热锅炉则是通过电能转化为热能加热水体，无燃烧过程、零污染物排放，运行噪音低、温度控制精准，适合对环保要求极高、有峰谷电价政策支持的区域，不过直接电加热运行成本偏高，搭配空气源热泵、水源热泵等技术可大幅提升能源利用效率。此外，太阳能、地热能等新能源供热技术也在逐步推广，多作为辅助热源与传统锅炉搭配使用，进一步降低供热能耗。
不同燃料的锅炉适配场景差异明显，选择时需结合当地能源供给条件、环保政策、供热规模及预算成本综合考量，才能实现供热效益的最大化。