锅炉环保税的收取以污染物排放量为核心计税依据，实行属地征收原则，由企业向应税污染物排放地的税务机关申报缴纳。
针对锅炉运行产生的应税污染物，主要分为大气污染物、水污染物两类，其中大气污染物是锅炉相关环保税的主要征收品类。计算时需先测算锅炉运行过程中产生的污染物排放量，再对应不同污染物的污染当量值，换算出污染当量数，最后乘以当地适用的税额标准，得出应缴税费额。
污染当量数的计算需结合锅炉的燃料类型、运行时长、污染物排放浓度、烟气排放量等数据，可通过实际监测、物料衡算或排污系数法进行测算。例如燃煤锅炉产生的二氧化硫、氮氧化物、烟尘等，均需分别计算污染当量数，再按前三项污染物计征环保税。
税额标准实行国家定底线、地方上浮的机制，大气污染物每污染当量税额在1.2元至12元之间，水污染物每污染当量税额在1.4元至14元之间，各地可根据本地环境承载能力、污染物排放现状等因素在区间内确定具体适用税额。
此外，锅炉使用企业若符合减排优惠条件，可享受税费减免：排放应税大气污染物或水污染物的浓度值低于国家和地方规定的污染物排放标准百分之三十的，减按百分之七十五征收环保税；低于百分之五十的，减按百分之五十征收。企业需按季申报缴纳，无法按固定期限计算的可按次申报，申报时需如实报送污染物排放数据等相关纳税资料。