锅炉环保税的收取以污染物实际排放量为核心计税依据，严格遵循“多排多缴、少排少缴、不排不缴”的征收原则，针对锅炉运行过程中排放的大气污染物、水污染物两类应税污染物计征，是倒逼锅炉使用单位落实减排责任的重要环境经济调节手段。
在计税标准层面，锅炉环保税的核算基础为应税污染物的污染当量数，即按照每类污染物的实际排放量除以该污染物对应的污染当量值计算得出，其中锅炉排放的烟尘、二氧化硫、氮氧化物三类核心大气污染物为重点计征项。具体适用税额由各省级人民政府统筹本地区环境承载能力、污染物排放现状和经济社会生态发展目标要求，在国家规定的税额幅度内自主确定，目前不同区域的大气污染物每污染当量税额从1.2元至12元不等，水污染物每污染当量税额从1.4元至14元不等，同一排放口的应税污染物按照污染当量数从大到小排序，对前三项污染物征收环保税。
在缴纳流程层面，锅炉环保税采取“自行申报、税务征收、环保协同、信息共享”的征管模式，锅炉使用单位作为纳税主体，需按季度或按次向属地税务机关完成纳税申报，按季申报的需在季度终了之日起15日内办理申报缴税手续。申报前需先通过符合国家规定的在线监测设备、第三方委托监测机构出具的合规监测报告，或按照排污系数、物料衡算方法准确核算当期污染物排放量，对未安装监测设备且不具备监测条件的，将按照生态环境主管部门公布的排污系数、物料衡算方法核定排放量作为计税依据。
同时锅炉环保税设置了明确的减免档位，纳税人锅炉排放应税污染物浓度值低于国家和地方规定排放标准30%的，可减按75%征收环保税；低于排放标准50%的，可减按50%征收环保税，符合减免条件的单位需在申报时如实填报相关减免信息，留存监测资料备查，无需单独提交减免申请。