锅炉换热器是锅炉系统中实现热量传递的核心部件，但其在实际应用中也存在不少固有缺点，会直接影响锅炉的运行效率与使用寿命。
首先，结垢与腐蚀问题最为突出。锅炉换热器长期接触高温烟气与水质，水中的钙、镁离子等矿物质会在换热面沉积形成水垢，水垢导热系数极低，会大幅降低换热效率，严重时甚至会导致换热管堵塞。同时，烟气中的硫化物、氮氧化物与水汽结合后会形成酸性物质，对换热面造成腐蚀，尤其是低温段的换热器，露点腐蚀风险更高，会缩短设备的使用寿命。
其次，压力损失较大。换热器内部的换热管、翅片等结构会增加流体的流动阻力，无论是烟气侧还是水侧，都需要更大的动力来克服阻力，这会增加引风机、水泵的能耗，提升锅炉系统的运行成本。若设计或安装不合理，压力损失还会进一步加剧，甚至影响锅炉的正常出力。
再者，维护难度高、成本大。锅炉换热器通常安装在锅炉烟道等狭窄空间内，检修时需要拆卸大量附属部件，操作空间有限，维护作业难度大。而一旦出现换热管泄漏、结垢严重等问题，不仅维修工艺复杂，更换部件的成本也较高，还会导致锅炉停机，影响生产或供暖的连续性。
此外，体积与占地面积较大。为了满足足够的换热面积需求，锅炉换热器的体积通常较大，需要占用较多的锅炉房空间，对场地布局有一定要求，尤其是改造项目中，可能会受到原有空间的限制，增加安装难度。
这些缺点在锅炉系统设计、选型及运行维护中都需要重点考量，通过优化水质处理、合理选择换热材质、定期清洗维护等方式，可以在一定程度上缓解这些问题，保障换热器的稳定运行。