柴油锅炉运行一段时间后，水箱、炉胆及管道内壁常会积聚铁锈与水垢，不仅降低热效率，还可能引发局部过热甚至腐蚀穿孔。清除铁锈需根据锈蚀程度选择合适方式，同时做好投运前的钝化保护。
对于轻度浮锈，可采用机械除锈法。停炉泄压排水后，打开人孔、手孔，用钢丝刷、角磨机配钢丝轮对内壁进行打磨，重点清理焊缝、底部积水区域。打磨后使用压缩空气吹扫，再用清水冲洗。此方法操作简单，但劳动强度较大，适合小型立式柴油锅炉或局部锈斑处理。
中度及大面积锈蚀推荐化学清洗法。常用清洗剂为氨基磺酸或柠檬酸，浓度控制在5%至10%，并加入0.3%左右的缓蚀剂，如乌洛托品或若丁，防止酸液腐蚀母材。清洗液温度宜保持在50至60摄氏度，循环浸泡4至6小时。清洗过程中需每隔1小时检测酸度，若酸度下降过快说明锈垢溶解充分，可适当补酸。清洗终点以酸度不再明显变化、溶液中铁离子浓度趋于稳定为准。排尽酸液后，立即用清水冲洗至pH值接近中性，再用1%至2%的磷酸三钠溶液进行中和钝化，循环1至2小时，使金属表面形成致密保护膜。
对于锅炉烟管或火管外壁的锈蚀，因空间狭小，宜采用高压水射流配合化学浸泡。先用0.5至1兆帕清水冲洗松散锈渣，再注入弱酸性清洗剂浸泡，最后用高压水枪逐根疏通。清洗后必须检查管壁厚度，若剩余壁厚低于设计值的80%，应进行强度校核或更换烟管。
除锈完成后，建议进行水压试验，试验压力为工作压力的1.25倍，保压20分钟无渗漏为合格。日常运行中，可在给水中添加除氧剂和阻垢剂，并定期排污，减少氧腐蚀与垢下腐蚀。停炉保养时，采用干法保养或充氮保护，避免潮湿空气进入炉内再次生锈。通过规范除锈与日常水质管理，可显著延长柴油锅炉使用寿命，保持稳定热输出。