低碳锅炉作为当下供热领域的环保升级产品，凭借低排放、高能效的优势获得广泛应用，但在实际推广和使用过程中，仍存在不少亟待解决的问题。
首先是初期投入成本偏高。低碳锅炉普遍采用低氮燃烧器、余热回收、变频控制等先进技术，核心部件的研发和制造成本远高于传统锅炉，加上配套的烟气处理、智能监测系统安装费用，整体采购及安装预算比同功率普通锅炉高出30%-50%，让不少中小用户望而却步。
其次是燃料适配性存在局限。部分低碳锅炉对燃料品质要求较高，比如生物质低碳锅炉需使用含水率、灰分符合标准的成型生物质颗粒，若使用劣质燃料，不仅会降低燃烧效率，还可能导致结焦、排烟超标等问题；而电低碳锅炉则受当地电力供应稳定性及峰谷电价影响较大，在电力紧张的区域或用电高峰时段，运行成本会明显上升。
再者是运维技术要求更高。低碳锅炉的智能控制系统、低氮燃烧装置等结构更为精密，日常维护和故障排查需要专业技术人员操作，普通锅炉运维人员往往缺乏相关知识技能，一旦出现参数调试不当、部件损耗未及时更换等情况，容易导致锅炉能效下降、排放不达标，甚至引发安全隐患。
此外，部分低碳锅炉的实际能效与宣传存在差距。一些厂家为了抢占市场，夸大产品的低碳效果和节能率，用户实际使用后发现，受安装环境、负荷匹配度、操作规范等因素影响，锅炉的运行能效和减排量达不到标称值，也影响了用户对低碳锅炉的信任度。