工厂锅炉的燃料选择直接关系到运行成本、环保合规性及生产效率，不同行业、不同规模的工厂会根据自身需求适配不同的燃烧材料，目前主流的燃料类型主要分为化石燃料、生物质燃料及工业废弃物三大类。
化石燃料是应用时间最长、普及度最高的类型，其中煤炭曾是工厂锅炉的主要燃料，尤其是动力煤热值高、成本低廉，适合大型工业锅炉集中供热或发电，但随着环保要求提升，燃煤锅炉需配套脱硫脱硝除尘设备，目前仅在部分合规的大型工厂及工业园区保留使用。重油、柴油等液体化石燃料热值稳定、燃烧效率高，多用于对供热精度要求较高的制造业工厂，但燃料成本偏高，且排放管控严格，应用占比逐年下降。天然气作为清洁化石燃料，是当前中小工厂锅炉的主流选择，燃烧后几乎无废渣废气，管道输送便捷，运行自动化程度高，在燃气覆盖的工业园区应用极为广泛。
生物质燃料是近年推广的环保型燃料，主要包括生物质颗粒、秸秆、木屑、稻壳等农林废弃物，经过压缩成型后热值稳定，碳排放远低于化石燃料，符合绿色生产要求，在农副产品加工、林木加工等具备原料优势的工厂应用较多，且部分地区有相关政策补贴支持。
此外，部分产生可燃废弃物的工厂会采用工业固废、废木材、废布料甚至处理后的污泥作为锅炉燃料，既能实现废弃物资源化利用，又能降低燃料成本，但需严格满足环保排放标准，避免二次污染。
总体而言，工厂选择锅炉燃料时，会综合考虑环保政策、燃料获取成本、锅炉适配性及供热需求等多方面因素，目前清洁化、低碳化是燃料选择的主要趋势。