锅炉负压燃烧是指炉膛内烟气压力低于外界大气压的燃烧方式，虽在防爆、操作安全性上有一定优势，但也存在诸多不可忽视的缺点。
首先是热损失较大，锅炉效率偏低。负压燃烧时，炉膛内处于负压状态，外界冷空气会通过炉墙缝隙、人孔门、看火孔等不严密处漏入炉膛，大量冷空气进入不仅会降低炉膛温度，使燃料燃烧难度增加，还会增大烟气量，导致排烟热损失显著上升，锅炉热效率随之降低，增加燃料消耗与运行成本。
其次是风机能耗高。为维持炉膛负压，引风机需要克服更大的烟气流动阻力，同时还要处理漏入的冷空气带来的额外烟气量，这会大幅增加引风机的负荷，提高电能消耗，不利于锅炉系统的节能运行。
再者是受热面磨损加剧。漏入的冷空气会使烟气流速分布不均，局部烟气流速过高，烟气中携带的飞灰颗粒会以更快的速度冲刷受热面，长期作用下会造成受热面管壁磨损减薄，缩短设备使用寿命，增加检修维护成本，严重时还可能引发爆管等安全事故。
另外，负压燃烧还易造成环境污染。若炉膛负压控制不当，出现正压波动时，烟气和粉尘会向外泄漏，污染锅炉房内的工作环境，影响操作人员健康；同时，漏风导致的不完全燃烧产物增加，也会提升烟气中污染物的排放浓度，加大环保处理压力。
最后，负压燃烧对燃烧稳定性有一定影响。大量漏风会稀释炉膛内的氧气浓度与燃料浓度，破坏合理的燃烧工况，容易出现燃烧不稳、火焰脉动等问题，尤其在低负荷运行时，这种影响更为明显，甚至可能导致灭火。