锅炉效率是衡量锅炉能源利用水平的核心指标，指锅炉有效利用热量与输入燃料总热量的比值，直接关系到运行成本与环保效益，不同类型、不同容量的锅炉效率存在明显差异。
常规燃煤工业锅炉的效率通常在60%到80%之间，其中链条炉排锅炉效率多在65%到75%，循环流化床锅炉因燃烧更充分，效率可达75%到85%，小型手烧燃煤锅炉效率偏低，普遍低于65%，部分老旧设备甚至不足50%。
燃气锅炉是目前应用较广的清洁型锅炉，整体效率明显高于燃煤锅炉，普通燃气蒸汽锅炉、热水锅炉的效率通常在90%到95%，采用冷凝回收技术的冷凝式燃气锅炉，可回收烟气中的潜热，效率能达到98%以上，部分高性能机型甚至接近100%。
燃油锅炉的效率介于燃煤与燃气锅炉之间，轻油燃烧效率较高，通常在85%到92%，重油因杂质多、燃烧难度大，效率略低，一般在80%到88%。
生物质锅炉作为环保替代型锅炉，效率受燃料形态影响较大，生物质颗粒锅炉燃烧充分，效率通常在80%到90%，生物质压块、散料锅炉效率稍低，多在75%到85%。
此外，锅炉效率还受运行负荷、设备维护、燃料品质等因素影响，长期低负荷运行、结垢积灰、燃料热值不达标都会导致效率下降，定期维护保养、合理调控运行参数是保障锅炉效率处于合理区间的关键。