锅炉房的燃烧燃料选择直接影响供热效率、运行成本与环保性能，不同场景下的锅炉房会根据产能需求、环保要求及资源条件选用适配的燃料。目前主流的燃料类型主要分为化石燃料、生物质燃料及电力驱动三大类。
化石燃料是传统锅炉房的常用选择，其中煤炭曾是应用最广的燃料，凭借热值高、采购成本低的优势，在工业锅炉房和大型集中供热项目中较为常见，但随着环保要求提升，高污染的散煤已逐步被淘汰，目前仅允许使用经过脱硫脱硝处理的洁净型煤，且需配套完善的烟气净化设备。天然气则是当前城市锅炉房的主流燃料，属于清洁能源范畴，燃烧后几乎无烟尘和硫化物排放，且燃气锅炉自动化程度高、占地面积小，无需储备大量燃料，适合对环保要求高的城区商业、住宅及公共建筑锅炉房使用。此外，柴油、重油等燃油燃料也会作为备用或补充燃料，应用在部分无燃气接入条件的小型锅炉房，但燃油成本相对较高，且储存需满足严格的防火规范。
生物质燃料是近年推广的环保型燃料，主要包括生物质颗粒、秸秆、木屑等，由农林废弃物加工而成，属于可再生能源，燃烧时碳排放远低于化石燃料，且灰渣可作为肥料回收利用，在县域、乡镇等农林资源丰富的地区应用较多，不过生物质燃料燃烧易产生烟尘，需配套布袋除尘等设备达标排放。
还有一类电加热锅炉房，通过电能转化为热能，无燃烧过程，零排放、无噪音，运行清洁度最高，但受电价成本影响，通常用于小型供热场景或作为调峰补充，在电价优惠的地区或对环境要求极高的特殊场所更为适用。